O curso de Engenharia de Pesca conta com laboratórios bem equipados para o desenvolvimento de atividades práticas e de pesquisa. Entre os principais laboratórios estão:

● Laboratório de Biologia Pesqueira e Beneficiamento do Pescado - LABBEP: equipado para estudos sobre organismos aquáticos e ecossistemas e no desenvolvimento de técnicas para o processamento e conservação do pescado.
● Laboratório de Morfofisiologia e Sanidade Animal - LABMORSA: realiza pesquisas em sanidade de organismos aquáticos com base na histopatologia, bem como caracterização e identificação da fauna parasitária de peixes através de análises morfológicas e moleculares.
● Laboratório de Nutrição e Experimentação de Organismos Aquáticos - LANEX: voltado para o cultivo de organismos aquáticos, com infraestrutura para a reprodução e crescimento de peixes, crustáceos e moluscos.